長くなったので2つに分けました。
〇この作品とアニメ本編を繋げるには
まずこのゲームで何が起きたかについて、ゲーム内では次のように説明されています。
・ミレニアモンの登場によってデビモンたちが復活。デジタルワールドやネットワークの時間軸が崩れてもうひとつの世界ができた(アグモン)
・ミレニアモンはデジタルワールドの時をゆがませ破壊した→悪のデジモンを倒し終わっていたはずの冒険が振り出しに戻り、本来倒していたはずのデジモンとの戦いに敗れ子供たちは捕まってしまった。(ゲンナイ)
・突如、デジタルワールドの闇の奥底に出現した暗黒デジモン、ミレニアモン。このデジモンの恐るべき力によって、平和な人間界に戻るはずだった太一やヤマトら、選ばれし8人の子供達は、囚われの身となってしまった。(ゲームの説明書)
私はこれを、1999年の年末に本格的に活動を開始したミレニアモンが、アポカリモンを倒した後の太一たちの前に現れ、倒したはずの悪のデジモンを復活させ子供たちを捕らえたと解釈しました。しかしそうするといくつか矛盾点が出てきます。
まず、太一たちは現実世界での何ヶ月も経過する中、デジタルワールドで捕まっていたことになり、そうなればさすがにニュースになるでしょう。しかし、この作品の冒頭で太一たちの存在はそれほど知られていないことが明らかになっています。
次に、デジタルワールドと現実世界は一応別の世界ですので、1999年の年末にデジタルワールドだけの時間をアポカリモン戦直後まで巻き戻したと仮定します。すると現実世界にいる子供たちは干渉を受けずにすみます。
しかし、この作品で救出され現実世界に戻った子供たちと巻き戻しの干渉を受けず現実世界にいる子供と、2人が現実世界に存在ことになるという疑問が生まれます。
また、復活したデジモンの中にヴァンデモンがいましたが、実際はヴァンデモンは現実世界で敗れ(39話)、しかも生きています(02-48話)。
このゲームでの出来事はミレニアモンが過去に介入したことでできたパラレルの世界での出来事にしてしまえば一番つじつまが合うでしょう。
ゲーム中でもコウシロウとミミが現実世界に返った後、ゲンナイがテントモンとパルモンは彼らのデジヴァイスの力でこの地にとどまっていられたと言っていたり、ミレニアモン撃破後に太一と遼がそれぞれ別の世界に戻るような描写がありました（後のブレイブテイマーにおいてもパラレルワールドの存在や人間は別の世界に行くことができない旨が示唆されています）。
しかし、できるだけアニメにつながるように考えたいです。そこで次のような解釈をしてみました。
・1999年大晦日にミレニアモンはその時に生きているデジモンを除き、デジタルワールド(地形や環境など)の時を巻き戻した（どれくらいまで巻き戻したか具体的にはわからないが、少なくともファイル島とサーバー大陸が存在しているので、スパイラルマウンテン形成以前）。
さらに、かつてのボス級デジモンをミレニアモン自身が作り出した(この能力はブレイブテイマーでVRとして使用している)。ミレニアモンが作ったため、ボス級デジモン達もミレニアモンを敬った発言をしているのと考えられる。そして異常を感じたデジタルワールドの安定を望むもの（あるいは02の映画のチョコモンのようにミレニアモン自身）が再び太一たちを呼び寄せたがミレニアモンに負けてしまう。そして、遼とミレニアモンの戦いが始まった。
また、ゲームでは救出された子供たちはパートナーを遼に託し現実世界に戻りましたが、アニメ版をみると捕まっている仲間を残して帰るような性格ではないので、実際は一緒に戦ったのではないでしょうか。
まだまだ矛盾点はありますし、そもそもタイムパラドックスものをうまく説明すること事態が不可能ですので、半端な考察ではありますがこの辺りで。
余談
ちなみにこの作品では本編に先駆けて、ディボロモンやオメガモンなんかが登場し、他にも今では有名なデジモンの中にはここで初登場となったデジモンがいます。ディアボロモンのデザインが今と違ってたり、オメガモンがガルルグレイモンという名前だったりしますが。
(追記：ヴァリアブルや図鑑ではオメガモン表記になるらしいですが検証はできません。また、作中のセリフにおいてはガルルグレイモン表記とオメガモン表記の2パターンがあることを確認)
個人的には面白いと思ったので興味のある人はぜひと言いたいところですが、データが消えやすいですし、今では手に入らないデジモンがいるので強くはお勧めできません。
〇おまけ
有名な（？）ガルルグレイモンへの言及
オメガモンになってるパターンも
デザインと必殺技に違和感が・・・
キメラモン（究極体）
スカルサタモン（究極体）
限定版で見れるアナライザーと隠しダンジョン（ヴァリアブル発動は不可）
（追記）
ブイドラモンや関係するヴァリアブルを見ることができました。
エアロブイドラモン
ゴッドドラモン
オメガモン
ブイドラモンの攻撃＆防御モーション
ヴァリアブルもアナライザーもオメガモンであることを確認しました。（ツノモンのセリフがガルルグレイモンのロムであっても同様）
完全に個人的な想像にすぎないのですがのですが、開発段階ではガルルグレイモンの名前で登場させる予定が、途中でオメガモンに変更となり、ヴァリアブルとアナライザー部分は変更したものの、台詞で登場していることは忘れていて、そこだけはガルルグレイモンのままになってしまったのではないかと思います（ヴァリアブルの効果が正しく機能しないことがあるのも、変更等の影響があるんじゃないかと）
